吴鞠通有感于当时医生墨守伤寒治法不知变通，撰写《温病条辨》七卷，提出温病的三焦辨证学说，对温病学说贡献很大，是继叶天士、薛雪之后的温病学派重要代表人物。吴鞠通的《温病条辨》，是温病学的一座里程碑，不朽的中医著作。全书分七卷，以条文和注解相结合的方式对温病加以阐述，首卷“原病篇”摘引《内经》有关温病的记载，并加以注释，说明温病的始原。一至三卷是分述上、中、下三焦温病的证候及调治方法。四卷是杂说，提到救逆、紧急救治和病后调治各论，以便阅读者不致临床混淆。五至六卷是“解产难”和“解儿难”，分述妇科产后及儿科惊风、痘疹的论治。吴鞠通创立了温病“三焦学说”，并结合“卫、气、营、血”理论，创造性地提出温病辨证论治的纲领和方法，大大地丰富祖国传统医学宝库。《温病条辨》写成后，立即被广为传抄，在医学界引起轰动，深得当代医家的重视和推崇。颇有医学知识的礼部尚书汪廷珍为之作序：“吾友鞠通吴子……述先贤之格言，摅生平之心得”写成《温病条辨》，这是不可多得的具有临床实用价值的著作。医家张维屏在书后评介：“瑭在京治温病，全活甚众，于是采辑名贤著述，附以己意，阅十数载，考验而成书，……余观数月，见其苦心孤诣，缕析条分，诚治温病不可无之书也，……然贝4医必先明伤寒，而后能明温病，既识伤寒，又不可不识温病，而是书于温病，则固详且备矣。”《珍藏医书类目》评价《温病条辨》“颇有条理，可为治温病之津梁也。”《意园谈医书笔记》赞扬“此书为温病所必看之书。”……由此可见，《温病条辨》确是清代中医温病学的一部杰出之作。嘉庆十八年(1813)吴鞠通的这部伟大著作，在汪廷珍的支助下，得以刊刻问世，并很快传到了日本，在国内外产生较大影响。日本中医博士奈良贤太郎写了一部《内科温病条辨的研究》，淮安清代医家李厚坤继承吴氏学说，把《温病条辨》改成赋文，便利阅读背诵，以启迪后学者。现代中医学院把吴氏著作作为必修课程，可见其影响之深远。

    他认为温病有9种，吴又可所说的温疫是其中最具传染性的一种，除此之外，另外还有其他八种温病，可以从季节及疾病表现上加以区分，这是对于温病很完整的一种分类方法。书中创立了“三焦辨证”的学说，这是继叶天士发展了张仲景的六经辨证，创立卫气营血辨证方法之后，在中医理论和辨证方法上的又一创举。“三焦辨证”法：就是将人体“横向”地分为上、中、下三焦。上焦以心肺为主，中焦以脾胃为主，下焦包括肝、肾、大小肠及膀胱。由此创立了一种新的人体脏腑归类方法，此法十分适用于温热病体系的辨证和治疗，诊断明确，便于施治。而且确立了三焦的正常传变方式是由上而下的“顺传”途径，“温病由口鼻而入，鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传则为心包，上焦病不治，则传中焦，胃与脾也；中焦病不治，则传下焦。始上焦，终下焦。”因而，由传变方式也就决定了治疗原则：“治上焦如羽，非轻不举；治中焦如衡，非降不安；治下焦如沤，非重不沉。”同时，吴氏对《伤寒论》的六经辨证，同样采取了积极采纳的态度，认为“伤寒六经由表入里，由浅入深，须横看；本节论三焦，由上及下，亦由浅入深，须竖看。”这些理论，虽然从立论方式和分析方法上有所不同，但实际上仍是对叶天士的卫气营血辩证法的继承，并对其进行了很大的发展，尤其是在对疾病变化的认识上，是可以权衡协调的，二者并无矛盾之处。同时，三焦辩证法也完善了叶天士卫气营血说的治疗法则。叶氏的《温热论》中没有收载足够的方剂，而吴鞠通的另一重大贡献，就是在《温病条辨》当中，为后人留下了许多优秀的实用方剂，象银翘散、桑菊饮、藿香正气散、清营汤、清宫汤、犀角地黄汤等等，都是后世医家极为常用的方剂。临床上使用的方子，《温病条辨》方占十之八九。

     他曾在北京检核《四库全书》，得见其中收载了吴又可的《温疫论》，深感其论述宏阔有力，发前人之所未发，极有创见，又合于实情，便仔细研究，受到了很大的启发。他对叶天士更是推崇，但认为叶氏的理论“多南方证，又立论甚简，但有医案散见于杂证之中，人多忽之而不深究。”于是他在继承了叶天士理论的基础上参古博今，结合临证经验，撰写了《温病条辨》七卷，对温热病学说做了进一步的发挥。

    吴塘对中医学的贡献，可以说使得中医的基本治法在外感病和热性病方面得到了进一步的完善。在划分中医“四大经典”的时候，有一种划法，就是将吴氏的《温病条辨》与汉代的《黄帝内经》、《伤寒论》和《神农本草经》并列为中医必读的“四大经典”。可见该书在中医理论发挥上的重大意义。吴鞠通，是中国医学史上不可多得的具有建设性的代表人物之一。

     为了纪念和学习这位伟大的中医学家，家乡人民为其建有吴鞠通中医博物馆、吴鞠通中医研究院等。